近年来，普陀山各水库原水均出现季节性（6～10月份）锰离子含量增加的现象，加大了出厂水质控制的难度，而且容易引发城市管网出黄水、黑水。这种情况的产生主要是由于普陀山4座水库的容量都较小，蓄水能力差。每年的9、10月份原水往往要用库底层水，而库底层水存在较高的软锰矿，导致通过常规工艺处理后的出厂水锰离子含量超标，增加了水的色度，影响了水质。
为了有效降低出厂水中的锰含量，厂部领导成立了除锰的课题试验小组，并很快制定出了两套方案：投加海水和投加食用碱。首先进行的是投加海水除锰试验。多次试验数据显示，投加一定比例的海水是可以有效降低出厂水的锰含量，但氯化物含量严重超过了国家饮用水的标准，所以无法使用。随后，课题小组马上投入另一种方案投加食用碱的试验中。经过反复试验，大家发现在常规的工艺流程中加入一定比例的食用碱，可以有效地降低锰离子的含量，保证出厂水的质量。目前，除锰试验已取得初步成效。